В останні роки феномен медитацій усе більше й більше залучає до себе увагу вчених по усьому світу. Для дослідження медитацій використовуються найсучасніші наукові методи, що дозволяють одержати унікальну інформацію про те, як впливає медитація на різні функціональні системи й на організм людини.
У лабораторії психофізіології НДІ фізіології З РАМН із 1999 по 2003 р. проводилися системні дослідження, центральним об'єктом яких були люди, тривалий час (5-10 років), що практикували Сахаджа Йогу. На, що займається Сахаджа Йогою виявляють вплив безліч різних факторів і важко оцінити внесок кожного з них окремо. Однак, випливаючи гіпотезі, що в практиці Сахаджа Йоги головним є медитація, дослідниками цей фактор визнаний вирішальним. Вивченню цього виду медитації були присвячені наукові дослідження.
З'ясувалося, що всупереч думці величезного числа скептиків, медитація реальність, а не міф. Медитація — це складний нейрокогнитивний процес, що міняє біоелектричну активність центральну й вегетативну, нервову систему людини, що відповідно відбивається на психічному рівні у вигляді специфічних переживань медитативного досвіду. Сукупність цих змін дозволяє класифікувати виникаючі медитативні стани як «стану зміненої свідомості», що відрізняється від звичайного пильнування й сну. Стан Сахаджа Йога-медитації характеризується комплексом змін фізіологічних показників. Ріст потужності низькочастотного, так званого тет-ритму ЕЕГ, у комбінації зі зниженням показників фрактальній розмірності енцефалографічного ритму, спостерігається в передніх ділянках кори головного мозку. Специфічно змінюється потужність альфа-ритму в різних ділянках кори. Знижується активність симпатичного відділу вегетативної нервової системи. Усе це свідчить про формування в процесі медитації внутрішнього фокуса уваги, зниження інтенсивності розумової активності й появи позитивних емоційних переживань.
По виставах закордонних і вітчизняних дослідників, регулярні медитації формують інший характер фізіологічного функціонування людини. Практикуючі Сахаджа йогатмедитацію незважаючи на більшу, ніж у немедитуючих людей інтровертність, здобувають знижені нейротизм, психотизм і депресивність, демонструють меншу особисту тривожність і кращі здатності у визначенні й вираженні емоцій. Таким чином, медитатор являє собою психоемоціональну стабільну особистість. Його фізіологічні показники вказують на меншу «фонове завантаження» кори головного мозку й меншу фонову активованість симпатичної нервової системи, що дає гарний ресурс реагування з появою такої необхідності. Показники варіативності серцевого ритму вказують на наявність більшого функціонального резерву серця.
Вивчені особливості організації нейрофізіологічних процесів у медитаторів в умовах сприйняття емоційного стресу. Результати показали: сприйняття емоційної значимості зорових образів у цілому протікає у медитаторів на тлі меншої активації когнитивних процесів. Інакше кажучи, коли необхідно оцінити емоційний зміст, вони меншою мірою піддають спостережувальний образ ментальному аналізу. Більше того, процес категоризації стимулу, тобто визначення: «позитивний», «негативний», «нейтральний», вимагає від медитаторів менших витрат нейроосциляторних ( тобто мозкових) ресурсів.
Після етапу сприйняття починається процес переживання емоцій. Ритмічна активність мозку при переживанні медитаторами як позитивних, так і негативних емоцій, має широкий спектр особливостей. Не вдаючись у подробиці, можна сказати наступне. Медитатори й на цьому етапі демонструють менше залучення в ментальний аналіз, що відбувається. Вони сприймають усе в більш відстороненій перспективі, меншою мірою проектуючи на себе спостережувані сценарії. Медіатори мають додаткові навички контролю уваги, які використовують для зміни обсягу вступники інформації, наприклад, для зниження захоплення образів, що викликають сильні негативні емоції.
Останнім етапом було вивчення психофізіологічних особливостей медитаторів в умовах емоційного стресу. Експеримент показав, що інтенсивне переживання широкого стресу, так само як це спостерігається й у немедитиюцих людей. Однак медитатори мають додаткові фізіологічні механізми контролю, що дозволяють зменшити руйнівний вплив стресу на організм людини.
Таким чином, регулярна практика медитації в Сахаджа йозі підсилює психоемоційну стабільність і гармонізує особистість, що відбувається на стані суб'єктивного емоційного простору, а також характері функціонування центральної й вегетативної нервових систем.